फेमा, 1999 की विभिन्न धाराओं के प्रावधानों को लागू करने के लिए निदेशालय के सहायक निदेशक और उनसे उच्च स्तर के अधिकारियों को निम्न कार्य करने होते हैं:
1
आसूचना/सूचना एकत्र करना और उनकी जांच करना।
2
संदिग्ध व्यक्तियों पर नजर रखना।
3
आयकर अधिनियम, 1961 के प्रावधानों के अनुसार व्यक्तियों/वाहनों की तलाशी करना, परिसरों की तलाशी करना, साक्ष्य तथा दस्तावेज प्रस्तुत करने के लिए व्यक्तियों को समन भेजना, व्यक्तियों की जांच पड़ताल करना, कोई भी सम्बन्धित सूचना/दस्तावेज मंगाना, दस्तावेज इत्यादि अभिग्रहित करनाऔरदस्तावेजों की अभिरक्षा।
4
फेमा के अन्तर्गत उप निदेशक तथा उनसे उच्च स्तर के अधिकारियों को न्यायिककल्प संबंधी मामलों को न्यायनिर्णित करने का अधिकार है। पार्टी (पक्ष) को कारण बताओ नोटिस जारी किए जाने की स्थिति में अपना बचाव प्रस्तुत करने का अधिकार है। पार्टी द्वारा दिया गया स्पष्टीकरण यदि संतोषजनक नहीं पाया जाता है तो मामले पर आगे कार्यवाही की जाती है। पार्टी को न्यायनिर्णयन आदेश के विरुद्ध अपील करने का भी अधिकार है।